簡化基因組測序（Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS）是對(duì)部分基因組進(jìn)行序列測定。它是指利用生物信息學(xué)方法，設計标記開(kāi)發(fā)方案，富集特異性長(cháng)度片段，應用高通量測序技術獲得海量标簽序列來代表目标物種(zhǒng)全基因組信息的測序方法。
方案靈活：可根據每個客戶的研究目标和内容靈活定制研究方案
重複性高：不經(jīng)過(guò)片段大小選擇，技術重複度好(hǎo)
數據可信度高：基于混合泊松分布模型的de novo SNP分型算法iML，有效去除重複序列對(duì)分型的幹擾
細胞，動植物組織，血液，總DNA等
建議總DNA起(qǐ)始量＞20 μg，濃度＞100 ng/μl，
OD260/280介于1.8-2.0之間，并确保DNA無降解。
A：高密度SNPs标記開(kāi)發(fā)的基本條件和設計理念是所獲得的片段盡量在基因組上分布均勻，通過(guò)測定少量代表全基因組信息的序列獲得的成(chéng)千上萬SNPs标記。首先要利用生物信息學(xué)方法對(duì)目标物種(zhǒng)參考基因組（或已知BAC序列）進(jìn)行系統分析，根據基因組GC含量、重複序列情況和基因特點等信息，選擇相應的限制性酶以及測序文庫類型，以保證分子标記的密度、均勻性、效率滿足遺傳分析和分子育種(zhǒng)的需要。
A：簡化基因組測序常用測序文庫類型可以歸納爲3個大類：①簡化測序，包括簡化文庫（reduced-representation libraries，RRLs）和簡化多态序列複雜性（complexity reduction of polymorphic sequences，CroPS）；②限制性酶切位點關聯DNA測序（restriction-site-associated DNA sequencing，RAD-seq）；③低覆蓋基因分型文庫，包括多元鳥槍法基因分型（multiplexed shotgun genotyping，MSG）和基于測序的基因分型（genotyping by sequencing，GBS）。
茄子是第三個最重要的茄科作物（僅次于馬鈴薯和番茄），在2010年全球産量爲41.8 Mt，是中東、東非、南亞地區和歐洲南部的重要蔬菜。通過(guò)遺傳重組所得到的基因在具體染色體上線性排列圖稱爲遺傳連鎖圖譜。遺傳連鎖圖譜是定位和分析植物和動物的複雜性狀的重要資源。
利用Illumina的高通量測序平台，采用限制性酶切DNA（RAD）技術，對(duì)茄子進(jìn)行單核苷酸多态性（SNP）的開(kāi)發(fā)，完成(chéng)其遺傳圖譜的構建，并對(duì)花青素苷呈色性狀的數量性狀位點（QTL）進(jìn)行定位。
在茄子基因組上共發(fā)現了347個新的SNP标記和84個錨定标記，用431個标記中的415個标記構建了相應的茄子遺傳連鎖圖譜。圖譜跨越的總遺傳距離爲1390 cM，包含了12個連鎖群。并據此對(duì)花青素苷呈色性狀進(jìn)行了相應的定位。結果顯示其與七個性狀相關，每個性狀分别受一至六個數量性狀位點（QTL）控制，并且其中至少有一個QTL起(qǐ)著(zhe)主要作用。
Lorenzo Barchi, et al. A RAD Tag Derived Marker Based Eggplant Linkage Map and the Location of QTLs Determining Anthocyanin Pigmentation. PLoS One, 2012, 7 (8) : e43740.
