轉錄組即特定細胞在某一功能(néng)狀态下轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。通常指某一狀态下的所有mRNA轉錄本。
高覆蓋度：單次轉錄組測序實驗即可獲取全面(miàn)的編碼RNA信息。
鏈特異性文庫：采用dUTP鏈特異性文庫構建方案，确保轉錄本的方向(xiàng)性，獲取更準确的定量結果。
關聯分析：聯合多個組學(xué)數據，開(kāi)展跨組學(xué)關聯分析。
細胞，組織，全血，血清，血漿，總RNA等
建議總RNA起(qǐ)始量：2 μg，最低1 μg，濃度≥50 ng/μL
1. Hatch K, Pabon A, DiMario JX. (2017) EMX2 activates slow myosin heavy chain 2 gene expression in embryonic muscle fibers. Mechanisms of Development 147(1), 8-16.
2. Sheng Z, Lv Y, Li W, Luo R, Wei X, Xie L, Jiao G, Shao G, Wang J, Tang S. (2017) Yellow-Leaf 1 encodes a magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester cyclase, involved in chlorophyll biosynthesis in rice (Oryza sativa L.). PLOS ONE 12(5), e0177989.
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A：轉錄組和DGE主要的差别在于數據量和分析内容上，轉錄組的數據量較大，除了分析差異基因，還(hái)可以進(jìn)行基因結構分析；而DGE就(jiù)是數字基因表達譜，它的數據量較小，一般隻分析差異基因，不能(néng)進(jìn)行基因結構分析。
可變剪接是産生蛋白質和功能(néng)的多樣性的重要途徑，對(duì)細胞分化和發(fā)育以及疾病發(fā)生等至關重要。人類高達95%以上的基因是可變剪接的。可變剪接能(néng)從單個基因組位點産生數量驚人的異構體，果蠅Dscam1（唐氏綜合症細胞黏附分子）和脊椎動物Pcdhs是其中的兩(liǎng)個經(jīng)典範例。黑腹果蠅Dscam1通過(guò)可變剪接方式可産生38,016種(zhǒng)同源異構體，而脊椎動物Pcdhs通過(guò)選擇性啓動子來實現蛋白質的多樣性。
課題組運用RNA-seq等分析方法在轉錄組水平上開(kāi)展了對(duì)螯肢動物東亞鉗蠍（Chelicerata）異構體多樣性的研究。課題組在螯肢動物中發(fā)現新的Dscam基因家族（sDscams），這(zhè)些Dscam基因比較短，且具有串聯排列的5′表達盒（cassettes）。這(zhè)些高度重複串聯序列， 重複單元通常由編碼 1 個Ig（免疫球蛋白）結構域的2個外顯子（sDscamα）或編碼2個Ig結構域的4個外顯子（sDscamβ）組成(chéng)。 研究人員發(fā)現， sDscam基因5'端的選擇性外顯子上遊存在獨立的啓動子，通過(guò)選擇性啓動子及可變剪接相結合的調控方式來産生同源異構體多樣性。此外，這(zhè)些 sDscams與果蠅Dscam1有很高的序列相似性，且sDscams的組織結構與脊椎動物Pcdhs 的5′可變區驚人的相似。
圖 sDscamβ 異構體表達的模式圖
本研究的這(zhè)些發(fā)現對(duì)于理解果蠅Dscam1和脊椎動物Pcdhs的功能(néng)相似性具有重要意義。研究人員提出了一種(zhǒng)決定5'端串聯複制外顯子簇的選擇機制的新模型，對(duì)異構體多樣性的調控機制進(jìn)行了更深一步的探讨。
Yue Y, et al. (2016) A large family of Dscam genes with tandemly arrayed 50 cassettes in Chelicerata. Nature Communications. DOI: 10.1038/ncomms11252.
差異基因聚類分析熱圖
用于判斷基因在不同實驗條件下調控模式的聚類模式根據樣品基因表達譜的相近程度，將(jiāng)基因進(jìn)行聚類分析，直觀地展示基因在不同樣品（或是不同處理）中的表達情況，由此獲取生物 學(xué)相關信息。
差異顯著差異表達基因上下調頻數統計柱狀圖用于統計差異基因數目
差異表達基因分析火山圖
用于了解差異表達基因的整體分布情況。以log2(foldchange)爲橫坐标， -log10(pvalue)爲縱坐标，對(duì)差異表達分析中所有的基因繪制火山圖。其中橫坐标代表基因在不同樣本中差異表達倍數變化；縱坐标代表基因表達量變化差異的統計學(xué)顯著性。
差異基因GO富集柱狀圖
用于反映在生物過(guò)程(biological process)、細胞組分(cellular component)和分子功能(néng)(molecular function)富集的GO term上差異基因的個數分布情況。
GO功能(néng)富集散點圖
用于展示GO term的富集情況。Rich factor表示位于該GO的差異基因個數/位于該GO的總基因數，Rich factor越大，GO富集程度越高。
皮爾森相關系數圖
用于反映生物學(xué)重複、樣本相關性，确保後(hòu)續的差異基因分析得到更可靠的結果。
可變剪切統計圖
對(duì)該物種(zhǒng)及其相應的測序樣品進(jìn)行可變剪切事(shì)件的分類及統計。
