背景簡介
TMT™（Tandem Mass Tag™）技術是由美國(guó)Thermo Scientific公司研發(fā)的一種(zhǒng)多肽體外标記技術。該技術采用10種(zhǒng)同位素的标簽，通過(guò)特異性标記蛋白多肽N末端或賴氨酸側鏈基團，而後(hòu)進(jìn)行串聯質譜分析，可同時(shí)比較10組不同樣品中蛋白質的相對(duì)含量。TMT技術是常用的差異蛋白質組學(xué)技術，在疾病标記物篩選、藥物作用靶點、動植物抗病/抗脅迫機制、動植物發(fā)育分化機理等領域都(dōu)有廣泛應用。
技術優勢
靈敏度高：低豐度蛋白也能(néng)檢測出
适用範圍廣：幾乎可對(duì)任何物種(zhǒng)的各類蛋白質進(jìn)行分離鑒定
高通量：能(néng)同時(shí)對(duì)10組樣本中包含的蛋白進(jìn)行鑒定及表達差異分析
高效：液相色譜與串聯質譜連用，自動化操作，分析速度快，分離效果好(hǎo)
技術路線
分析内容
樣本類型
細胞，組織，尿液，全血，血清，血漿，總蛋白等
建議總蛋白起(qǐ)始量（單次）：≥ 500 μg，濃度≥1μg/μL
Q1：iTRAQ及TMT等标記定量蛋白質組技術有什麼(me)特點？
A：iTRAQ以及TMT等标記定量蛋白質組技術分辨率高，細胞樣品最多可鑒定超過(guò)6000個蛋白，并且絕大多數蛋白都(dōu)有定量和定性信息；其次是通量高，可以一次最多完成(chéng)8個（iTRAQ）或者10個（TMT）樣品的實驗，特别适合于多組樣品間的同時(shí)比較以及生物學(xué)過(guò)程的動态檢測。
Q2：沒(méi)有全基因組數據的物種(zhǒng)該如何進(jìn)行蛋白的鑒定？
A：對(duì)于已經(jīng)公布全基因組序列的物種(zhǒng)，可以在得到全序列後(hòu)構建本地建庫并進(jìn)行本地檢索；對(duì)于未進(jìn)行全基因組測序的物種(zhǒng)，可以采用近緣物種(zhǒng)的數據庫或者EST數據以及轉錄組數據進(jìn)行檢索。
環境溫度升高對(duì)微生物群落的影響
研究背景
全球溫度升高會(huì)對(duì)微生物群落造成(chéng)影響，進(jìn)而直接影響全球生态系統。科學(xué)家們在溫度對(duì)微生物群落的群落結構和特定的代謝過(guò)程做了許多研究，而較少使用組學(xué)手段對(duì)整個群落的反應做出全面(miàn)的評估。
研究内容
本文首次將(jiāng)TMT标記定量蛋白質組學(xué)技術應用在微生物群落研究上，精确地和可重複地在40℃、43℃和46℃三個溫度條件下定量到上千個微生物蛋白質。作者發(fā)現，溫度升高會(huì)引起(qǐ)單個微生物和整個群落的氨基酸代謝相關蛋白質上調，并抑制兩(liǎng)類螺菌屬微生物的固碳蛋白表達，然而在高溫下第三類螺菌屬微生物固碳蛋白則顯著上調。
研究結果
定量蛋白質組學(xué)技術可以用于群落微生物研究，能(néng)鑒定到與代謝、生長(cháng)、信号與壓力反應等過(guò)程相關的上千個差異表達蛋白，并在生态群落中對(duì)單個微生物組實現定量蛋白質組學(xué)研究。
參考文獻
Mosier A C, Li Z, Thomas B C, et al. Elevated t emperature alt ers proteomic responses of ind ividual organisms within a bio film community. The ISME journal. 9:180-194 (2015). (IF: 9.328)
