背景簡介
基因表達譜分析是研究基因功能(néng)的基礎。利用基因表達譜芯片對(duì)不同發(fā)育時(shí)期或是不同處理條件下的樣品展開(kāi)分析，可以廣泛快速可靠地篩選出差異表達基因，展開(kāi)功能(néng)和通路分析。使用芯片進(jìn)行基因表達譜分析已成(chéng)爲生理調控、生物标記、疾病機理和藥物篩選等領域廣泛采用的檢測手段。聯川生物爲用戶提供基于穩定的Agilent芯片平台的基因表達譜檢測
技術優勢
探針特異性 & 靈敏度高：絕大多數探針都(dōu)經(jīng)過(guò)實驗驗證程序檢驗和優化，充分保證探針的特異性和靈敏度。
芯片檢測一緻性高：具有極高的檢測重複性，充分保證檢測結果的準确性和一緻性。
芯片更新靈活：探針序列設計基于RefSeq、Goldenpath、Ensembl和Unigene 等知名數據庫，充分代表基因和轉錄本信息。
芯片平台可靠：芯片平台均經(jīng)過(guò)大量實驗數據的驗證，是分析基因表達譜高效可靠的工具。
技術路線
芯片信息
分析内容
樣本類型
細胞，組織，全血，血清，血漿，總RNA等
建議總RNA起(qǐ)始量（單次）：≥ 1μg，濃度：≥50 ng/μL
近期用戶文章
1.tong Q, et al. (2016) LincRNA-Cox2 modulates TNF-a–induced transcription of Il12b gene in intestinal epithelial cells through regulation of Mi-2/NuRD mediated epigenetic histone modifications. FASEB J, 30, 1187-1197 .
2. Guoku Hu,et al.（2016）LincRNA-Cox2 Promotes Late Inflammatory Gene Transcription in Macrophages through Modulating SWI/SNF-Mediated Chromatin Remodeling. The Journal of Immunology. 196 (6) :2799.
3. Feng J, Dai Z, Zhang Y, Meng L, Ye J, Ma X. (2015) Alteration of Gene Expression Profile in Kidney of Spontaneously Hypertensive Rats Treated with Protein Hydrolysate of Blue Mussel (Mytilus edulis) by DNA Microarray Analysis. PLoS ONE 10(10), e0142016.
4. Michael Zorniak, Paul A. Clark, John S. Kuo. (2014) Myelin-forming cell-specific cadherin-19 is a marker for minimally infiltrative glioblastoma stem-like cells. Journal of Neurosurgery. ePub ahead of print doi: 10.3171/2014.9.JNS132373.
5. Baulch JE, Aypar U, Waters KM, Yang AJ, Morgan WF. (2014) Genetic and Epigenetic Changes in Chromosomally Stable and Unstable Progeny of Irradiated Cells. PLoS ONE 9(9).
6. Kamal MM, Sathyan P, Singh SK, Zinn PO, Marisetty AL, Liang S, Gumin J, El-Mesallamy HO, Suki D, Colman H. (2012) REST regulates oncogenic properties of glioblastoma stem cells. Stem Cells 30(3), 405-414.
7. Thomas SN, Waters KM, Morgan WF, Yang AJ, Baulch JE. (2012) Quantitative Proteomic Analysis of Mitochondrial Proteins Reveals Pro-Survival Mechanisms in the Perpetuation of Radiation Induced Genomic Instability. Free Radical Biology and Medicine 53(3
Q1：做一張表達譜芯片的RNA量需要多少？
A：Agilent芯片需要的最低RNA量爲200 ng，但由于質檢會(huì)耗損一定的RNA，以及實驗結果如果不理想需要重複等原因，一般建議提供1 μg的total RNA的量。
Q2：定量驗證所用的樣品和芯片檢測的不一緻，定量結果與芯片不一緻，該怎麼(me)解釋？
A：如果是這(zhè)種(zhǒng)情況，那麼(me)定量驗證結果和芯片不一緻可能(néng)是因爲樣品本身的差異造成(chéng)的。芯片篩選畢竟是針對(duì)少量樣品檢測的結果，如果要準确檢測的話，是需要放大樣品量進(jìn)行驗證的。
Q3：做完表達譜芯片後(hòu)，在衆多的差異基因中如何确定後(hòu)期研究目标？
A：一般情況下有幾個原則可以參考：
a.單純從數據角度而言，FC最大、P value最小可爲後(hòu)期研究目标；
b.結合課題組的研究方向(xiàng)和進(jìn)展，挑選自己研究相關的通路基因；
c.結合其他科研工作者的研究論文，排除已研究透徹基因。
研究背景
基因間長(cháng)鏈非編碼RNA（lincRNAs）是長(cháng)鏈非編碼轉錄本（>200 nt），位于蛋白質注釋編碼基因的間隔區。 最近的研究表明，lincRNA-Cox2可以介導先天免疫細胞中不同類免疫基因的活化和抑制。
研究結果
本研究中，研究人員報道(dào)lincRNA-Cox2位于1号染色體上PG-内過(guò)氧化物合酶2（Ptgs2/ Cox2）基因的近端，是小鼠巨噬細胞中受NF-κB信号控制的早期炎症基因。在功能(néng)上，lincRNACox2是在細菌LPS刺激下，受NF-κB調節的晚期炎症反應基因轉錄所必需的。具體地，lincRNA-Cox2在LPS刺激後(hòu)，在細胞中被組裝進(jìn)SWI/SNF複合物中。這(zhè)會(huì)導緻lincRNA-Cox2/SWI/SNF複合物可以調節NF-κB亞基組裝到SWI/SNF複合物中，最終，調節巨噬細胞中SWI/SNF相關的染色質重塑和晚期炎性應答的基因的反式激活，以應對(duì)微生物的挑戰。
圖 LPS刺激下BV2細胞或巨噬細胞中lincRNAs的表達
參考文獻
Guoku Hu,et al. LincRNA-Cox2 Promotes Late Inflammatory Gene Transcription in Macrophages through Modulating SWI/SNF-Mediated Chromatin Remodeling. The Journal of Immunology, 2016
差異顯著表達的基因上下調頻數統計柱狀圖用于統計差異基因數目。
差異表達基因分析用火山圖可以直觀展示差異表達基因的整體分布情況。以log2(foldchange)爲橫坐标，-log10(pvalue)爲縱坐标，對(duì)差異表達分析中所有的基因繪制火山圖。 其中橫坐标代表基因在不同樣本中差異表達倍數變化；縱坐标代表基因表達量變化差異的統計學(xué)顯著性。
箱線圖
箱線圖是利用數據中的五個統計量：最小值、第一四分位數(25%)、中位數(50%)、第三四分 位數(75%)和最大值來描述數據的一種(zhǒng)方法，它也可以粗略地看出數據是否具有對(duì)稱性，分布的分散程度等信息。
