背景簡介
在自然界的各類環境中，都(dōu)有微生物的存在，它們在各自的“崗位”上都(dōu)發(fā)揮著(zhe)或大或小、或多或少的作用。有一些具有特殊功能(néng)的微生物，由于其作用的重要性或特殊性而受到人們的廣泛關注，它們就(jiù)叫(jiào)做功能(néng)微生物，如固氮菌、反硝化菌、氨氧化細菌、甲烷氧化菌等。每種(zhǒng)功能(néng)微生物在分類學(xué)上可能(néng)有很大不同，但卻具有類似的基因使其能(néng)夠發(fā)揮同樣的功能(néng)，因此使這(zhè)些功能(néng)細菌發(fā)揮這(zhè)種(zhǒng)特定功能(néng)的基因就(jiù)稱爲功能(néng)基因，如nifH、nosZ、amoA、pmoA。功能(néng)基因測序就(jiù)是針對(duì)這(zhè)些功能(néng)基因設計PCR引物，進(jìn)行建庫然後(hòu)測序。
技術優勢
低成(chéng)本，相比于傳統菌落鑒定，分析通量更高，檢測成(chéng)本更低。
微生物樣本處理經(jīng)驗豐富，
擁有強大的生信分析團隊，提供最全面(miàn)準确的信息分析
技術路線
分析内容
樣本類型
土壤、水體、腸道(dào)内容物、糞便樣本等
建議總DNA起(qǐ)始量：>1μg (較純DNA，無宿主及其他雜質污染)
Q1：功能(néng)基因組測序與16S rDNA、ITS測序有何區别？
A：功能(néng)基因組測序也稱爲特異 PCR 産物測序，功能(néng)基因測序與16S/ITS 測序整體思路類似，都(dōu)屬于擴增子測序，但是細節上存在差異。功能(néng)基因組測序的研究對(duì)象是具有某些特定功能(néng)的微生物，其定向(xiàng)擴增的目标基因爲該功能(néng)基因，而16S/ITS 測序則是擴增16s rDNA和 ITS特定可變區。
天然沸石或硝化抑制劑的添加對(duì)污泥堆肥過(guò)程中抗生素抗性基因的影響
污泥堆肥作爲有效的資源利用，堆肥污泥中大量的ARGs和他們的宿主菌和重金屬接觸時(shí)，重金屬會(huì)對(duì)抗生素耐藥菌有選擇作用，選擇機制尚不清楚，研究建立了（A，B和C）三個相同的實驗室規模的反應器，探究天然沸石和硝化抑制劑對(duì)ARGs的影響以及重金屬、MGEs（可遺傳因子）和微生物群落對(duì)ARGs積累的程度。
實驗設計
實驗結果
圖1 左圖，豐度前10位屬構建的群落Heatmap圖
其中A、B、C三組放線菌相對(duì)豐度分别爲28.4%、41.1%、38.1%，表明天然沸石比硝化抑制劑更能(néng)促進(jìn)堆肥腐熟度；右圖，RDA分析結果可知，在不同的處理階段這(zhè)些作用因子對(duì)ARGs的作用不同。
圖2 Network網絡分析顯示ARGs和它們的潛在的宿主菌的共存關系
紫色代表ARGs是增加的，綠色代表ARGs是減少的，連線代表呈現正相關（p<0.05）。點越大表示有關系的數量越多。紫色越深，表示ARG有更多的和其他之間的聯系來增加ARGs，而綠色越深，表示ARG有更多的和其他之間的聯系來減少表示ARGs。
參考文獻
[2]Junya Zhang, Meixue Chen, Qianwen Sui, et al. Impacts of addition of natural zeolite or a nitrification inhibitor on antibiotic resistance genes during sludge composting[J]. Water Research, 2016, 91: 339-349.
物種(zhǒng)積累曲線注：
橫坐标代表随機抽取的樣品數量；縱坐标代表抽樣後(hòu)OTU數目。分析說(shuō)明：結果展示持續随機抽樣下新OTU（新物種(zhǒng)）出現的速率。在一定範圍内，若曲線表現爲急劇上升則表示此環境中随著(zhe)樣品量的加大有大量新OTU被發(fā)現；當曲線趨于平緩，則表示此環境中的物種(zhǒng)不會(huì)随樣品量的增加而顯著增多,趨于飽和。利用物種(zhǒng)累積曲線可以作爲對(duì)樣品量是否充分的判斷，曲線急劇上升表明樣品量不足，建議增加樣品數量；反之，則表明樣品量已足以反映群落的豐富度。
等級豐度圖注：
圖中不同顔色曲線代表不同的樣品，橫坐标爲OTU豐度等級，縱坐标爲OTU相對(duì)豐度。圖中樣品曲線越平緩，說(shuō)明該樣品物種(zhǒng)組成(chéng)越均勻，樣品曲線越陡峭，說(shuō)明樣品OTU豐度之間差異越大。
樣品PCA分析展示注：
圖中的每個點表示一個樣品，同一個組的樣品使用同一種(zhǒng)顔色表示。圖中點的距離越近表示物種(zhǒng)組成(chéng)越相似，同一組樣品之間距離近與其他組樣本距離遠，說(shuō)明樣品生物學(xué)重複好(hǎo)或者同種(zhǒng)
樣品組成(chéng)相似。分析說(shuō)明：當樣品數量龐大時(shí)，出現同一組内存在樣本離散在群體之外，說(shuō)明這(zhè)個樣品可能(néng)組間相似性不高，作爲生物學(xué)重複可能(néng)會(huì)影響整個組結果，因此，建議可以結合PCoA圖與樣本柱狀圖結果，對(duì)該離群樣品進(jìn)行分析，判斷是否需要删除該樣品。
